Para conocer su historia, es importante que nos remontemos a aquella época en la cual la Villa de San Francisco de Campeche había sido fundada, aproximadamente entre los años 1.562 y 1.563.
En ese momento, toda la península era víctima de una plaga de langostas, las cuales azotaban fuertemente toda la localidad.
En su desespero, los habitantes buscaron algún tipo de ayuda divina que los salvara de ese castigo, y para ello, realizaron la promesa de edificar un santuario en honor a aquel santo que resultara ganador, después de que lo dejaran a la suerte.
De esta forma, el santo en cuestión fue San Román, por lo que en su honor, se levantó una pequeña iglesia localizada en las afueras de la ciudad. Además, los habitantes le hicieron la solicitud a Juan Cano de Coca Gaitán, un comerciante, que trasladara desde Italia una estatua o imagen de Cristo en la Cruz. Y es en este preciso instante en el que comienza la leyenda.
Durante el viaje desde Veracruz hasta Campeche, el barco en el cual era transportada la imagen de Cristo se encontró con una fuerte tormenta, la cual según los relatos, estuvo cerca de causar un desastre y hundir la embarcación.
Sin embargo, ocurrió un milagro, pues el Cristo Negro se levantó de la Cruz y tomando el control del barco, por el timón, consiguió evitar un trágico final para todos. Además, los guió hacia su destino de forma mucho más rápida y a salvos.
Pero esto no es todo, ya que existen otros relatos que adornan aún más su leyenda, siendo una de las más conocidas la que nos cuenta sobre la muerte de Juan Cano, y que luego volvió a la vida por obra del Cristo Negro. Y así como este, existen otros cientos de relatos e historias que nos muestran milagros atribuidos a esta valiosa y celestial imagen.
Para finales del siglo XVII, la fe de comunidad de Campeche ya estaba estructurada y era muy sólida con respecto al Cristo Negro. A partir de ese entonces, se convirtió en una parte fundamental de las tradiciones de la localidad.